ちなみにキャラクターのスクリプトにOnAnimatorMoveメソッドを追加すればスクリプトからRootMotionの制御ができる
それで移動や待機なんかは普通に制御して、アニメーションの動きをそのまま反映したいときにはAnimatorのdeltaPositionとdeltaRotationでRootMotionの移動と回転が取れるからそれをそのままtransformに入れればApplyRootMotionにチェック入れたのと同じ状態になるはず