まぁ.NETやJavaはデコンパイラで簡単にソース丸出しに戻せるので、その時点でデータファイルも基本的に丸出しに出来るもんな。
仮にローダ部分だけネイティブになってたとしても、呼び出しが中間言語で書かれてる時点で、その部分のソースをコピーして同じような処理書けば取り出せる訳で。
どうやっても隠蔽なんて無理。