自分もPC前提（WinからLinux）で考えていたのでそっちの方は調べてないですが、とりあえず。

HLSLは環境依存です。WinならDX系のHLSLだけど、他はOpenGL系のGLSLみたい。
ttp://gamedev.stackexchange.com/questions/57013/do-i-need-to-rewrite-my-hlsl-shaders-when-porting-from-xna-to-monogame
一応MojoShaderというコンバートツールはあるみたいだけど、制約が多そう。
GPUを絞った方が楽かも？

ゲームパッドの方はXNA同様「XInput対応のパッドを用意して貰う」か「昔ながらの
DirectInputパッドに（MonoGameとは無関係に）ユーザ側でパッチを当てて貰う」ことになります。
タッチパネルはマウスと同じ扱いではないかと。違ってたらすみません。


それはそれとして、タッチパッドでどこまで本格的なアクションゲームが作れるのかという
問題もありますね。