そのマップエディタが、マップチップ並べる方法のものなら、
二次元配列にそれぞれのマップチップの情報を記録すれば済みそうな物だけど
（1マップチップのサイズが40*40なら、640*480が[16][12]の、1280*480が[32][24]の配列になる）、
画像ファイルで保存する方がやりやすい方法にしてるの？