ありがとうございます。githubは配布の場所としてはいいかも知れないですが、
結局リポジトリに入れるファイルは手動でやるしかないみたいですね。
PRO版だと、Project Settings->Editorで何かできるっぽいですが、とりあえず手動で分けたりして試してみます。