ＢＧＭのファイルはＭＩＤＩでしょうか。
音源の設定は「ハードウェア音源」でしょうか。
もしその場合なら、ＰＣ上の音源が使われるので、
ＭＩＤＩファイルの冒頭に「セットアップ小節」というものが設定されていない場合、
再生される曲の音色などの設定は、「そのＰＣが前回（別の曲によって）指定された設定」
のままになってしまいます。
その結果、前まで鳴っていたのに鳴らない音が出てくることがあります。
対策としてはウディタ内臓音源を使うのが一番ですが、もしそれがいやなら
標準設定の音を一瞬小音で聴こえないように再生するＭＩＤＩファイルが公開されているので
それを不具合が起こる前に鳴らすと解決するそうです。