>>895
ぱっと思いついた事ですみませんが・・・
＞しかし、ゲームのロードを行うと初期値に戻る〜
作り始めに引っかかる、別理由でたまにある原因の
『そのロードデータは「コンフィグ値をいじる前にセーブしたデータ」をロードしている』
・・・という、うっかりミスというオチだったりは・・・？

また、
＞〜ロード処理コマンド入力後にウィンドウのｘｙ座標を再設定〜
自分の思い違いでなければ、ロード実行後の処理はロード結果？には
反映されないような・・・
（ロード処理を行った段階で処理中断して
その下の再設定以降の処理は、行われないのではなかったでしたっけ？）

既に確認済みでしたら失礼しますが、もしまだ確認されてなければ
よくある確認方法である、例えば

■デバッグ文:ｘ座標は\sys[3]、ｙ座標は\sys[4]

のような、デバック文をどこかに入れてみて
（臨時的に確認するためのイベントを作るのでもいいですが）
ロード後にデバックウィンドウでｓｙｓ変数の値がどうなっているか
確認されてみては如何でしょうか。

もし、全くの自分の勘違いでしたら余計な口出しで申し訳ありません・・・。