通行設定ならデータベースじゃないの

ツクールで編集したらファイルの更新日時を見るといい
日付変わってるのが更新されたファイルだから、それを上げる
よく分かんないなら、
・チップセットやピクチャなどの画像
・編集したマップIDの.lmu
・.ldb
・.lmt
これらを上げとけば多分問題ないと思われ