>>823
書き直し。
A.cs
public class A{
int i;
public A(){}
}

B.cs
public class B : MonoBehaviour{
A tmp = new A();
Debug.Log(tmp == null);
tmp.i = 3;
Debug.Log(tmp.i);
}

こうです。結局
AHolder.cs
public class AHolder : MonoBehaviour{}
public class A{
}
という形にして解決はしましたが。