検証サンクス。同じく10万個(1000*100)で試したら、
現在の : save 1709ms, load 4353ms
階層型 : save 1721ms, load 182ms
セーブは変わらないが、ロードが圧倒的に早くなってた

ロード時に既存のラベル方式か判定すれば互換性は維持できそうだな