現行吉里吉里の標準動作は「自動」で、「アスペクト比があう画面があれば一番近いものに変更、なければ解像度変更せずにソフト側で拡大」
なので、環境によって動作がまちまちになる。

それぞれのPCの環境と画面サイズとデバイスの名前、ゲームで指定しようとした解像度、とか全部かかないと具体的な原因はわからないと思われ。