バックログやマクロを保存してるとかじゃないかな。セーブ、ロードを重ねる度に重くなるならそれ。起動し直したら治る場合は無駄にオブジェクト量産してるとか、タイマーやハンドラが生き残ってるとか。そうなると人に聞いてやっとこさの段階ではちょっと骨かなぁ。
あとは配列が必要以上に肥大化する書きかたしてるとか？