参考にならんと思うが、俺は最初に５０枚くらい確保しておいて、

ベース
００−０９　背景および重ね背景・エフェクト・動画・イベント画
１０−２９　各キャラ立ち画
３０−３９効果背景・エフェクト
４０−４８ミニイベント　ミニゲーム　パラメーター
４９　全前景レイヤーリセット時のダミー背景

みたいに使ってる。
正直実に無駄な使い方だが、注釈書かなくてもレイヤーナンバーだけでだいたい何をしてるのかわかる利点はある