テクスチャいじるより、頂点カラーいじったら？
マテリアルタイプは EMT_ONETEXTURE_BLEND にして。
ブレンド/アルファソース情報をMaterialTypeParamに適切にpackする必要あるけど、
まあそこはCD3D9MaterialRender.hのTRANSPARENT_ALPHA_CHANNELを参考に、
SMaterial.h の enum なんかとにらめっこする感じで、あとはアルファソースを EAS_VERTEX_COLOR | EAS_DIFFUSE にすれば modulate してくれる。はず。

あ、最近のバージョンって、マテリアルで D3DRS_DIFFUSEMATERIALSOURCE 選択できんだっけ？
SMaterial.ColorMaterial かな。頂点カラーがダイナミックライトに反応しなくていいなら
これを NONE にして、SMaterial.DiffuseColorのaいじるだけでいいかも。

適当に説明端折ってるんで、ヘッダとかソースとか見つつで。