texture->lock()でピクセルを調べて、カラーキーでなければアルファ値を設定することで実現可能な感じがしました
でも手元の環境で想定できるフォーマットはA8R8G8B8のみ・・・他も考えなきゃならないんだろうか
テクスチャ生成フラグにETCF_ALWAYS_32_BITを指定しても常にA8R8G8B8になる保障はないのかな