いまいちまともに説明がされているように思えないんだか。

>いえ、UNITYで実装されていない機能について、実装の方法を知りたいというわけではなく、
>UNITYで実装されていない機能については、直接書き出されたファイルをいじる形になるのでしょうか、という質問になります。

実行形式のバイナリファイルを編集する、という手法はありえないと思うんだが、その発想はどこから来たの。

公式が指定する方法なのだと仮定して考えてみたら、リバースエンジニアリングやウィルス埋め込みと変わらない方法なわけで
公式が推奨するわけない。

そもそも、UNITYで実装されていない機能ってなによ？
通信も実装されてるし、UnityのGuiも実装されてる。

ちょっと前（スレ内の過去）で言えば、PSPでの実行は実装されてないね。
実装されていない機能って言うとこの辺りの話になるぞ