Canvasはまるで初期のDirectXのように描画結果に互換性がないし、
WebGLはMSが対応する気ナッシング（死語）だし、
JavaScriptはますます誰得な複雑言語になり。
あとリソース抜き対策なぞもどうすんの。
HTML5ルートはバッドエンドにしか思えないよ。
アプリを起動せずに多少複雑なものが動くことには一定の価値を認めるが、ただそれだけ。

今後3〜5年くらいということであれば、Flash/AIRに投資判断BUYで。
Adobeがゲーム用途に注力する方針を表明してるしな。
ブラウザのプラグインとしての面だけ見てFlashオワコンと勘違いしてる人が多すぎる。