でかい規模だと状況が分かりづらいから、まず小さい規模から試してからのがいいと思うんだが

座標とピクチャ番号の管理はコモンセルフ3つで足りる
重い処理をするならとにかく無駄を省かないと

シューティングの処理なんかはゲームプログラミングの本でもよく扱ってるから立ち読みしてくるといいよ