FreeTrainEXといったばあいは、こちらで配布されてる20050903版のみを指します。
EXはこの1バージョンしかないはずです。
http://sourceforge.jp/projects/freetrain/releases/

これも含め、AvになるまえのFreeTrainでは本体がわずかでもバージョンアップ
するとセーブデータの互換性がまったくなくなっていたそうです。

主目的としてはそうなります。