自己解決しますた。若干トリッキーかもだが。

ゲーム起動時の判定はカレントのダミーファイルのあるかないかで判別するという手法。
ゲームクリアするまではダミーファイルはパックされた状態（仮想上では別フォルダに存在する）。
それを、クリアしたら別フォルダからカレントにダミーファイルをコピーしちゃうという。

別にこんなことせんでもいいのかもしれんが、やりたいことができたのでよしとしよう。