Afterinit.tjsとかfirst.ksで(後者の場合は@iscript, @endscriptタグ必須な)

function hideMessageLayer( hideLayer=0 ){
kag.fore.messages[hideLayer].visible = false;
kag.back.messages[hideLayer].visible = false;
}

ってのを定義して、グラフィカルボタンのexp属性を
exp="hideMessageLayer(非表示にしたいメッセージレイヤの番号)"
みたいなのを継ぎ足せばいいんじゃね