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X形式の仕様としては、1つのファイルに複数のアニメーションを
組み込めるんだけど、実際に書き出し機能が標準であるソフトは
市販とフリー併せても、RokDeBoneとTOYSTUDIO、エルフレイナ
ぐらいしかないかも。

BlenderやSoftImage(とmodtool)用のプラグインでは公開して
くれている人がいるけど、XNA用とかに特化したデータを
書き出すのでDXライブラリでは読めなかったと思う。
(これは各ソフトやDXライブラリの問題ではなく、そもそも
x形式の自由度が高過ぎるので互換性が低いことが原因)。

RokDeBoneとかで書き出したxデータが、DXライブラリで
読めるかは試してないので読めるかもしれないけど
keynoteやRokDeBoneで、ある程度のモーション作るのは
モーションレイヤーやミキサーないので結構大変な気がする。
けっきょく、DXライブラリで使える複数アニメーションつき
xファイル形式が欲しい場合はツールかプラグインを自作する
しかないんじゃないかな。

でもモデルデータと、モーションは分けている方が何かと
融通は利くと思うよ。修正後の差し替えとかの点でも。