状況は見ないと分からんけど、たぶん初歩的なもの。

　1.敵と自機を動かす
　2.移動先に他のオブジェクトが居たら移動キャンセル

みたいな処理をしていると、移動速度とタイミングによっては、
座標が入れ替わる形ですり抜ける可能性があるのは容易に想像できると思う。