私も今アプリケーションでFC風ロックマン外伝っぽいの作ってますが、
やっぱりそれでもプリプロセッサから8bit仕様のレジスタを
定義して作っているのでしょうか…？

メモリの番号ごとにファミコンのCPU(PPUも同様)と同等の振分けを行って
例えばPPU用空間の$2000から1KBit分を画面表示領域といった風に
構造もFCで再現しているのですか？
それともロックマン9のように見た目ファミコンな感じなら制約無しで
制作されています？