SB氏はまだこのスレに居るかな？
サンプルファイルはありませんが（絵の設定変更が面倒だったので）
リプレイ関係でちょっと検証した結果を報告します。

リプレイの仕様に関して、リプレイを実行すると、
自機が複数選択可能な場合、そのスコアを出した自機は何だったのかを調べて、
リプレイを実行するようになっているみたいですが、
自機選択のステージそのものを開始はしていないように思います。

ワンケや魔法石は、次のステージに何を選択したのかとか、
現在の自機はどのタイプを使用しているのか？といった様々な設定を、
自機選択のステージで変数に代入することで設定し、
後々のステージでその変数をもとに、敵の行動パターンや次のステージを選択するような形をとっています。
自機選択ステージそのものを開始しない場合、その変数値を読みとることをしないため、
問題が発生しているように思えます。
実際、自機選択ステージを消し、変数設定などを全て実際のステージ1やらステージ2やらで行うようにすれば、
リプレイのズレは（短期的にしか検証していませんが）発生しませんでした。
なので、現行のシステムでは
自機選択のステージ内で変数を入れたりしなければ、リプレイの問題は発生しないようです。

ver間での互換性の問題やらがあるので、簡単に修正できる部分かは謎ですが、
可能であれば、自機選択画面等もリプレイ時に再生できるようにして欲しいです。