そりゃそうよ
xとyが更新されるのはStepイベントの後、Collisionなどが実行される手前
（ヘルプでEventのところを見ると詳しく書いてある）
・Stepイベントでcollision_lineでチェック→この時点ではまだ貫通してない
・その後、xとyにhspeedとvspeedが足される
・Drawイベントでx,yから直線を描画
1ステップ未来の弾道を見てるから、貫通してるように見えるだけ。