武器選択とかサブスクリーンを作る方法で一番簡単なのは
instance_deactivate_all(true);
instance_activate_object(obj); //停止させたくないオブジェクト・必要なオブジェクト
instance_create(SubscreenObj); //操作用オブジェクト作成
で扱って処理が終わったら
instance_activate_all();

RPGの会話(会話中キャラクタが動かない)とか、STGで敵はアニメーションするけど動作やアラームは止める
とかいうのは、GMだと基本的に個々のイベントを飛ばすことはできないから自分で管理しないとダメ