動画をどうやってMP4にしてるかという質問があったのでこちらにて。

nicowikiのこのページにのってるままやってるだけなのですが。
http://nicowiki.com/aviutl_h264.html

aviutlに拡張x.264出力プラグイン入れて、動画の編集は無圧縮AVIで済ませてから
aviutlでエンコしてます。