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> ある程度の規模のゲームなら、やらざるを得ないと思うんだが。

フリーラン系でも無い限り、プレイ中にコンパクションなんてやらない。
シーン切り替えのタイミングでコンパクションすることはあるけどもね。

それよりも、シーンごとに破棄できるデータと常駐データを幾つかのレベルに分けて管理したほうが
楽だよ。