テクスチャーを操作しない前提で人型モデルを作るとして
例えばシェーダーで特定のテクスチャーカラーを任意の色に置き換えるとかも出来るわけでしょ
肌色箇所を抽出してユーザー設定の肌色に置き換え
髪色を抽出してユーザー設定の髪の色に置き換え
ってやっていくとか
これらにしたってグラデーション付けること考えると一工夫必要だけど
絶対にこうってやり方は無い気がする
どういう方法とってもモデルやテクスチャーの作り方に工夫が必要になると思う