例えば、その上の処理を行う変数処理を作るとしたら、

ボス破壊タスクに　「変数計算：１＋０＝変数０　変数システム：ゲーム開始時に初期化されるオプション０←変数０」
とすると、変数０に”１”が入り、変数システムのオプション０（いわゆる単純にナンバリングの０番）に現在の変数０の数字”１”が入る。
変数計算で使う変数はタスク内だけで使用するいわばメモリ的な扱い。
他のタスクやスクリプトで使う場合などは一回ゲーム内共通で扱う変数システムに入れる必要がある。

自機のスクリプトでは、
タスク０にタスク１を起動を入れておき、タスク１に以下のスクリプトを入れる。
「変数システム：ゲーム開始時に初期化されるオプション０→変数０　変数条件分岐：即値１＝変数０」とする。
通常では変数システムオプション０の中身は”０”なので、スクリプトは下へ処理を進める。
このとき、無限ループにならないように制御通過で時間待ち１フレームを入れておく。
そうすると、１秒に６０回変数システムオプション０から変数０に数値を取り出して、その中の数値が”１”かどうかを計算する。

よって、ボスを倒したときに変数システムオプション０に”１”が入るので、
そのとき自機のタスク１では、変数条件分岐の処理が右に行く。
ここでやりたいアクション。例えば自機のコントロールを切り、自機を画面上へ移動させ、ステージクリアの処理をする。
しかしこのままでは、次のステージに移ったときに再び処理が右に行ってしまうので、
先ほどのように、変数０に数値”０”を入れる計算をして、システム変数オプション０に変数０を入れる処理をする。

多分こんがらがると思うから補足。
つまり、ボススクリプトで使った変数０と、自機スクリプトで使った変数０は混合しない。
これらは変数システムオプション０に値を格納するために使ったメモのようなもので、直接これでやりとりすることはできない。
そのため、システム変数を介して値のやり取りを行う。