多分それ、何十分の１秒かだけ短くなってるはずだから調べてみ。
俺の使ってる変換ソフトもそうだが、oggでもmp3でも
頭の無音部分を勝手に（一部だけ）削ることがある。
多分圧縮の最適化なんじゃないかと思うことにしてる。
変換後のファイルを編集ソフトで開くか自分の耳を信じるかして
ループのタイミング指定をやり直すが吉。