bonファイルは既存のボーンに名前と階層構造を付けるものです。
ボーンを新たに作るためのファイルではありません。
つまりmqoにボーンの線分情報が入っていないとだめなのです。
RokDeBone2で連番mqo出力するときに
ボーン線分情報も書き出せばOKだと思います。
bonファイルは
「シリアル番号を相対値で記録する」オプションを使ったほうが互換性が上がります。

あと注意して欲しいのは
ボーンのツリーがひとまとまりになっていたほうがエラーにならないです。
例えば「JointPart」と「追加ジョイント」の下にそれぞれボーンツリーがあるような
データはエラーになりやすいです。

古いボーン入りのsigからボーン情報を抽出読み込みするのが
一番らくだと思いますが。