実行ファイル（exeファイル）のアイコンはツクールに限らず書き換えることは出来ます
ツクール実効君とRPG_RT.exe GO!に比べ面倒だったり、起動ファイル自体を弄るので
色々とリスクが生じる場合もあるので、それらのツールを使う方が無難だとは思います

以下は実行ファイルのアイコンを書き換える方法です
http://www.ix.sakura.ne.jp/~yoshi/qanda/exe.htm