冷静に考えてXPが入ってるようなスペックのPCでツクール2000のゲームで
オーバーヒートするのは普通考えにくい

何かマルウェアにでも感染して、バックグラウンドで動いてるんじゃなかろうか？
あとは壁にPCが密着して置いてあるとか熱が篭もり易い状態になってるとかでは？