「行動前のキャラがいる場合は行動がキャンセルされる」
要は、全員が行動してから隊列修正の処理を入れれば良い。
まず先の「隊列が変わる入れ替え」をとりあえず行って、全員行動後に隊列修正の処理をする。
ここでネックになるのは、2000では「ターン終了時」を拾う操作が無い事。
なので、HP0・素早さ1のダミー雑魚にスイッチを起動させて、擬似的にターン終了を拾う。
HP0のダミー雑魚データはどこぞで入手できるので、探してくれ。

「戦闘時のみの状態異常が治る」
まず簡単な方法は、全ての状態異常を「移動中も有効」にすればいい。
のだが、確か自然治癒が設定されている異常は、この設定でも治ってしまったはず。
おまけに状態異常を拾うコマンドは無いので、手動で状態異常を管理する事になる。
判定に使える要素は、「行動の可不可」「四種ステータスの半減」「HP・MPの減少具合」なので、
これらを順に調べて何の状態異常に罹っているかを調べる。

「ステアップが消える」
二倍に上昇させる技しか出さないという前提で解説する、それ以外は俺には無理だ。
まず下準備として、ステータス上昇技に専用属性を設定、
専用属性の効果値を100%と0%に設定した二種類のキャラを用意、各ステータスの初期値（強化前）を変数に記録しておく。
そして隊列修正の処理の時に、各ステータスの値を調べて強化されているか否かを初期値と比較して調べる。
強化されている場合そのキャラはもうステータス強化が出来ないので、効果値0%のキャラへ装備品などのデータを移して入れ替える。
ステータスの補正は装備品の方で修正する事になるが、MAX500なので初期値が余りに高いと二種以上の装備を組み合わせて修正する必要が出てくる。