TJSを弄った事ないと難しいかも知れないが、右クリック時にメッセージを出
すＴＪＳスクリプトを呼び出すイメージ。

当然、制御は画面に帰ってきてるので、逆に「はい」か「いいえ」を押すまで
ゲームを止める必要がある。
あとは、「はい」を押したらジャンプタグに相当する機能でジャンプ。「いいえ」
でゲームを止める機能の中止を実行する感じ。

色々なサイトがあるだろうが、「TJSに挑戦！」と言うサイトの、第６章にある
コンフィグ画面系でそれに近い処理を行っている。
ただ、現在の貴方のスキルでは理解は難しいと思う。