>・ボス等の破壊不能箇所に攻撃が当たっても青いHIT効果が出せない
>・破壊不能な障害物に攻撃が当たっても青いHIT効果が出せない
破壊不能な障害物を「無敵」や「防御判定なし」にしてませんか？
→「防御判定あり」で、防御力を自機ショットの攻撃力よりも高く設定すれば、
　破壊されないけども、障害物の防御時タスクは発動します（自機ショットの攻撃時タスクも発動します）

>・FIREショットの発射数制限をかけると、前方発射弾にも制限がかかってしまう
FIREショットをサブウエポン（発射数制限あり），前方発射弾をメインウエポン（発射数制限なし）と別ウエポンで作成して、
メインウエポンとサブウエポンのショットボタンを同じに設定するのはどうですか？

>・逆スクロール時に時間配置している敵の表示がずれる（暫定対応）
仕方ないかも・・・

>・オプションやFIREのCREW弾で敵弾を防ぐ場合、全ての弾を防いでしまう
>・火柱で全ての攻撃を防いでしまう
キャラクタの種類が「ボンバー」になっている場合は「対空攻撃」にしておけば、
「空中敵」の敵機と「敵弾（特殊）」の敵攻撃だけを破壊できます。
それ以外の敵攻撃は「敵弾（ノーマル）」にしておけば、「対空攻撃」には破壊されません。

>・HUNTERショットが障害物に誘導されてしまう
誘導対象で「空中敵のみ」を指定して、障害物は「障害物」で作成してはどうでしょうか？