たとえば、×ボタンで終了確認を出したいときとかは

〜略〜

SetWindowUserCloseEnableFlag( FALSE ); //×ボタンで自動終了しない

while(ProcessMessage()==1)//だっけ?
{

ClsScreen();
game();
ScreenFlip();

if(GetWindowUserCloseFlag()==-1)//×ボタンが押されたら
{
if(MessageBox(NULL,"終了しますか?","終了確認",MBYESNO)==IDYES) //YES,NOでYESが押されたら
break;
}

}

〜略〜

こんな感じにすればできる(と思う)
組み合わせだからなあ……リファレンス作るより小技をいくつか乗せた方が良いのかな?