「同梱のコンフィグツールを実行してください」ってのを一歩進化させて、
「タイトル画面でこのキーを押すと同梱のコンフィグツールが動きます」
とするだけでも、だいぶプレイヤーは幸せになるかも、と思う。例えばこんな感じ。

・（ゲーム作者側）CONFIG.INIに、外部ツール実行キーの定義、及び、
　　　　　　　　　　　外部ツールのファイル名（相対パス）を記述
・（SB側）上記の定義を読み込む
・（ゲーム作者側）タイトル画面で、「コンフィグはxxのキーを押してね」と表示
・（SB側）タイトル画面で上記のキーが入力されたら、上記の外部ツールを実行してSB_COREを終了
・（外部ツール側）プレイヤーの操作にしたがって、
　　　　　　　　　　キーコンフィグなどをCONFIG.INIに書き込む
・（外部ツール側）再度SB_COREを起動

SB慣れた人にとってはあまり恩恵ないかもね。