駅であればホームで停車・出発のダイヤが組めるので信号の設置は必須じゃなくて。
（見た目やホーム長さから設置してもいいけど）

駅じゃないところ、本線上で分岐（合流）するところで列車を一度停めてタイミングを
はかりたいだとか、駅じゃない車庫に列車を停めておきたいとか、そういうところに
信号をまず設置します。
鉄道メニューの「架線柱」の中にダミー信号機がありますがそっちじゃなくて、
「信号機」メニューのほうから設置できるほうです。
本線などには３灯式信号機が設置されますし、車庫には停止位置票だったり
入換信号機だったりが設置されます。

車庫に入換信号機の例
http://www4.uploader.jp/dl/freetrain/freetrain_uljp00008.png.html

本線に３灯式信号機の例
http://www4.uploader.jp/dl/freetrain/freetrain_uljp00009.png.html
複線は日本だと道路と同じで左側通行なので、列車の進行方向に対する向きに
だけ信号を設置しました。

あとは設置した信号に列車を従わせる設定をしないと、列車は信号のところで
ただ10分停車するだけですぐ発車しちゃって交互に行き来したりはできないので。
その設定は「ダイヤ設定」メニューからします。
A列車式ダイヤを作成して、選んで、停車・発車を設定したい信号機のボクセルを
クリックすると「通過・〜分間停車・〜時〜分発車・高度な設定」な設定メニューが
出てくるので、ここで『10:00まで停車させておいて10:00になったら発車させたい』
ということなら「● 発車 10:00」に設定すると。

こうして作成したダイヤは、列車の配置から適用して初めて列車がダイヤに従って
走り出します。