今日１日中弄くってみましたが、結論から言うとプラグインの読み飛ばしは無理です。
やればできるけど、
１．大改造になってしまう
　　プラグインから変えないと駄目かもしれんし、そうなると既存のプラグインも
　　使えるかどうかわからない
２．今までのデータは完全に使えません
　　なんとかFreeTrainExのデータぐらいは引き継ぎできないかと考えてみましたが
　　これも無理。
３．改造は少なくとも１ヶ月以上かかると思われる
　　実時間でこれだから、実際自分ができる時間を考えると３〜４ヶ月はかかりそう。

一応ない場合はダミーのプラグインで差し替えることもやってみましたがGenericStructre
とかいうプラグインが大問題で無理。
となるとあとはセーブ・ロードはNet使わないで、全て自前で行うしかありません。

という理由で、プラグインの読み飛ばしに関してはサポートできません。
これはFreeTrainの構造上の問題が大部分です。
今まで誰もできない理由がわかりましたよorz

さて、こうなると私の存在意義もないので消えようかと思いますが。