>>373
吉里吉里本体はそのまま上書き

KAGは開発中のプロジェクトフォルダのsystem内の各ファイルを、
新しいバージョンのtemplate\systemの中身で上書き

すると開発中のConfig.tjsと、新しいConfig.~newが共存した
状態になるので、その状態のまま一回実行したら設定の
引き継ぎが行われる。引き継ぎがすんだらConfig.~newは
削除してもいい

MainWindow.tjsとかを改造しているなら、単純に上書きせず
改造後と前をdiffとったあと、それを参考にしつつ、新しい
バージョンのMainWindow.tjsを修正してから上書き

こんなところかな