オートモード中にクリックしてもSEの再生は止めず、
テキストだけ流していくようにしたいと思っています。

Override.tjs に MainWindow.tjs の waitSEStop() をコピーし、下記の箇所をコメントアウトすることで
SEが止まらなくはなったのですが、次のテキストはSE終了待ちのままです。
どの部分を変更すればよいでしょうか。

click : function (id){
　　//se[id].stop(); // 再生を終了する
} incontextof this,