一番いいのはゲーム内部のパラメータの数を極力削ることだね。
次にレベル。レベルがない場合は要所要所でプレイヤーがどれくらいのパラメータになっているかという想定値を考えておくこと。

まずは中ボスごとに区切って、プレイヤーの想定レベルの目安をつけるといいよ。
中ボスの強さ次第で早解き派を牽制できるし、
ザコより一桁以上違う経験値を設定することで、ある程度はプレイヤーを想定レベルに近づけられる。
市販ゲームのマップ担当やデバッガもやってることはその延長線で、
セーブポイントまでの歩数を数えたりした上でエンカウント率調整とかやってる。

物語が進むと使えるようになる必殺技の類いを設定したり、判りやすい場所に配置した宝箱から強力な武器を得られるようにしておくのもいい。
これらの要素は想定レベルの差を吸収できる。中ボスの設定を大まかに決めておいてこういった要素を決定していけばバランスは概ね決定できるはず。

回復能力や回復アイテムの設定（回復幅／使用コスト）は頭で想定しても失敗しがちなので注意。
開発中はこれらの設定はコストゼロの回復最大で仮置きしておいて、テストプレイ時のフィーリングから決定すると一番失敗がない。

統計学的なパラメータ持ち込んだことを謳ってるRPGはファミコン時代からあるが、最後は結局人手でバランス調整する。