ゲームデザインをざっくり大きく分けると、
素のユニットがすでに個性的で、ユーザはそこからあまり自由にカスタマイズできないデザインと、
素のユニットがほぼ無個性で、ユーザがユニットを自由にカスタマイズできるデザインがあると思うんだよね。

前者の場合その「素のユニットの種類分」だけドット絵を用意すればいいんじゃないかと思うんだよ。
素のユニットの種類も、100や200は作らないと思うし。

で、後者の場合は、カスタマイズ具合で素のユニットの見た目を変えないとゲーム上も区別がしにくいという問題があると思うんだ。
こうなるとユニットの見た目が変えられる（色替えができるのも含む）ようにするか、
あるいは、量産可能ユニットをやめて、全部名前つきのユニットにするかになると思う。