int ShotMoveX[SHOT];
int ShotMoveY[SHOT];
は他の変数（ShotFlag[]やShotX[]、ShotY[]）を宣言してるとこに。

ShotX[i] += ShotMoveX[i];
ShotY[i] += ShotMoveY[i];
は
// 弾iを１６ドット上に移動させる
ShotY[ i ] -= 16 ;
を置き換える。

ショット撃つときにShotFlag[]が0の要素を探してると思うけど
ShotMoveX[]とShotMoveY[]はそのときにセットする。
シングルショットならShotMoveX[i] = 0; ShotMoveY[i] = -16;
3wayならそれに加えて左右同時に発射するから、さらにShotFlag[]の空きを２つ探して
ShotMoveX[j] = -8; ShotMoveY[j] = -12;
ShotMoveX[k] = 8; ShotMoveY[k] = -12;
これで独立した3wayが発射できるはず。

少なくともX方向の増分は別々にしないと全弾同じ方向に飛んじゃうぞｗ