あ、すみません。
バージョンは未だフォトショ5.5で使い続けてます。

自分はＳＡＩで全部、立ち絵とレイヤーでその表情差分を
大きめのサイズで描いて、それをＰＳＤ形式にして
フォトショで開き、αチャンネルで透明部分を設定した後、
表情差分を表情ごとに作ったレイヤーで切り替えて、
レイヤーを統合、その後適切な立ち絵の大きさに
縮小してるんですが、ＰＳＤ形式では、きれいに見えるのですが、
ＧＡＬ形式にして、ゲームで表示させると、右下にやや
透明部分がずれているように見えます。

試しに、大きいサイズで作った最初のデータを
そのままＧＡＬ形式で保存してgraphicsgaleで
開いてみると、きちんとなっていましたが、
ゲームでそのデータを使ってみると、やっぱり
ずれているように見えます。(通常版を使ってます)