プログラム領域を8KB単位に区切って.bankを指定してやればいい。
.bank 0
.org $8000
<ここにコード書く>

.bank 1
.org $a000
<ここにコード書く>

.bank 2
.org $c000
<ここにコード書く>

.bank 3
.org $e000
<ここにコード書く>