3Dソフトでボーンなんてプログラムメインで片手間にやってても出来るだろ

難しいのはリギングと合成するときのことを考えたアニメーション作成
さらにそれをどうやってエクスポート&ゲームからインポートするか
シェイプ系のアニメーションなんて今のところ標準でエクスポートできるソフトあるのか?

プログラム側はデータさえできればスキニングもモーフィングもそこまで難しくはないけど
IKやら物理挙動やらを踏まえたモーション合成をやろうとするとすげー大変

同人規模でそこまでやる必要はないか^^;